Навчальну роботу у ЗФМШ ведуть кваліфіковані викладачі, які мають багаторічний досвід цілеспрямованої довузівської підготовки з математики, фізики, української мови та літератури, англійської мови.

Характерною рисою ЗФМШ є наявність ефективної методичної концепції і програми підготовки. Основними методичними принципами, реалізованими в навчальних програмах ЗФМШ, є інтенсивність (обумовлена стислим (1 - 2 роки) терміном навчання в ЗФМШ) і поетапність навчання.

Невід'ємним елементом навчального процесу в ЗФМШ є початкове тестування учнів, яке виявляє прогалини в їхніх знаннях.

Заняття проводяться за ефективними методиками, які в найкоротший термін усувають прогалини в підготовці учнів. Формуванню стійких технічних навичок слугує спеціально розроблена система вправ, виконання яких дозволяє учням оволодіти загальним алгоритмом дій та одержати різноманітну практику доцільних підходів до конкурсних завдань. При цьому учні навчаються долати замасковані пастки конкурсних іспитів.

Активізації учнів в процесі навчання і формуванню у них необхідних майбутньому студенту навичок самостійної роботи сприяє система навчальних контрольних робіт, що дає учням можливість перевірити свої знання, а викладачам – можливість вчасно впливати на перебіг навчального процесу.

Всі учні забезпечуються методичними посібниками та вичерпними довідниками з навчальних дисциплін.

Навчання в ЗФМШ дає якісну базову підготову для вступу до будь-якого технічного вузу і тому її випускникам притаманна висока результативність вступу до вузів України.